Bakterien sind kugel-, stäbchen- oder schraubenförmige, einzellige Kleinstlebewesen (Mikroorganismen), welche keinen Zellkern besitzen. Das genetische Material (DNS = Desoxyribonucleinsäure) ist nicht von einer Kernmembran umschlossen. Viele Bakterien sind für den menschlichen Organismus lebenswichtig und ungefährlich, wie beispielsweise die Darmbakterien. Andere sind krankheitserregend und können dem Menschen schaden, beispielsweise als Erreger der Pest oder der Tuberkulose etc.. Die Mundhöhle wird von mindestens 5 x 1013 einzelligen Bakterien besiedelt, bisher wurden ca. 300 verschiedene Arten beschrieben.
Für die Kariesentstehung sind die Mutans-Streptokokken verantwortlich mit den Hauptvertretern Streptococcus mutans und Streptococcus sobrinus. In der Mundhöhle lebende Bakterien bilden mit der Zeit fest haftende Beläge (Plaque), die bei Zuckerzufuhr ständig Säure produzieren und so zu Zahnschäden (Karies) führen. Stoffwechselprodukte dieser Plaquebakterien führen auch zu Entzündungen des Zahnfleischs. Mit einem Karies-Risiko-Test kann eine Speichelprobe auf kariesverursachende Bakterien untersucht werden.